Genetic characterization of the Neotropical catfish Pimelodus maculates (Pimelodidae

Abstract Freshwater fish present unique challenges when one attempts to understand the factors that determine the structure of their populations. Habitat fragmentation is a leading cause of population decline that threatens ecosystems worldwide. In this study, we investigated the conservation status of genetic variability in the Neotropical catfish (Pimelodus maculatus). Specifically, we examined the structure and genetic diversity of this species in a region of the Upper Uruguay River fragmented by natural barriers and dams. There was no genetic structure among the four sites analyzed, indicating the existence of only one population group. A combination of environmental management and genetic monitoring should be used to minimize the impact of impoundment on panmitic populations of migratory fish species

Evaluation of models to estimate variance components and genetic parameters for growth traits of Guzerá cattle

Foram utilizados registros de pesos de 26.314 bovinos da raça Guzerá referentes ao período de 1975 a 2001, divididos em intervalo de 90 dias do nascimento aos 630 dias de idade. Quatro modelos foram utilizados para estimar componentes de variância e parâmetros genéticos usando a metodologia REML: no modelo 1, foram considerados os efeitos genéticos direto (GA), materno (GM), de ambiente permanente materno (AM) e residual; no modelo 2, eliminou-se GM; no modelo 3, excluiu-se AM; e, no modelo 4, excluíram-se GM e AM. O teste de razão de verossimilhança (LRT) não detectou diferenças significativas em quase nenhuma das classes de idades dos modelos 1 e 2. As herdabilidades diretas estimadas nos modelos 1 e 2 foram semelhantes. Os valores de herdabilidade cresceram da primeira classe de idade até a segunda, mantiveram-se até o desmame e depois cresceram. As estimativas de herdabilidade direta, nas classes de idade mais próximas dos 205, 365 e 550 dias, para os modelos 1 e 2, foram 0,15; 0,12 e 0,14 e, nos modelos 3 e 4, foram 0,15; 0,14; 0,15 e 0,26; 0,19 e 0,17, respectivamente. O modelo 3 apresentou valores maiores de herdabilidade materna, em virtude da exclusão de AM. No modelo 4, houve superestimação da variância genética aditiva, como resultado da exclusão de GM e AM. A comparação entre modelos comprovou que o modelo sem GM foi equivalente ao modelo completo 1.Data from 26.314 animals of Guzerá cattle, weighted every 90 days from birth to 630 days, between 1975 and 2001, were used to estimate covariance components by REML methodology using four different models. The first model was the complete one and included four random components: direct genetic (GA), maternal genetic (GM), maternal permanent environmental (AM) and the residual; model 2 did not include the GM effect; model 3 did not include the AM effect and model 4 did not include both GM and AM effects. Models 1 and 2 did not differ by likelihood ratio test in almost all age classes. Direct heritability estimates obtained from models 1 and 2 were quite similar, and increased from first to second age, remained the same until weaning and then increased. Direct heritability estimates for weight in age classes close to 205, 365 and 550 days, by models 1 and 2, were respectively 0.15, 0.12 and 0.14. Estimates of the same parameter obtained by models 3 and 4 were respectively 0.15, 0.14, 0.15 and 0.26, 0.19, 0.17. Maternal heritability estimates by model 3 were higher because it did not include the AM effect. The additive genetic variance was probably superestimated by model 4 because it did not include GM and AM effects. The comparison between the models indicated that the model without GM was equivalent to the complete model 1

Seleção estratégica de marcadores para detecção de locos para características quantitativas em aves

ABSTRACT: Selective genotyping for a certain trait in individuals with extreme phenotypes contributes sufficient information to determine linkage between molecular markers and quantitative trait loci (QTL). In this experiment an F2 population, developed by crossing males from a broiler line with females from a layer line, was employed to detect QTL on chromosomes 3 and 5. Twenty-eight performance and carcass traits were measured in F2 offspring, and phenotypic correlations between traits were calculated. Body weight at 42 days (BW42) presented the greatest positive correlations with most other traits, with correlation between body weights at 35 and 41 days, weight gain between birth and 35, 41 and 42 days, as well as weights of carcass and some body parts superior to 0.8. One hundred-and-seventy F2 offspring, representing the top (4.5%) and the bottom (4.5%) of a normal distribution curve of BW42, were selected with equal proportions of males and females, and within dam family. Samples were genotyped for 19 informative markers on chromosome 3, and 11 markers on chromosome 5. Marker allelic frequencies of phenotypic groups with high and low BW42 were compared with a chi-square test. Four regions on chromosome 3 and three regions on chromosome 5 had markers that were suggestively associated with BW42 (P < 0.10), confirming and expanding previous studies. ___________________________________________________________________________________ RESUMOA genotipagem seletiva de indivíduos com fenótipos extremos para uma determinada característica contribui com informação suficiente para determinar a ligação entre marcadores moleculares e locos para características quantitativas (QTL). Neste estudo uma população F2, formada a partir do cruzamento de uma linha parental de aves para corte com uma linha de postura foi empregada para obtenção de medidas fenotípicas e genotipagem por marcadores microssatélites, posicionados nos cromossomos 3 e 5. Foram medidas 28 características de desempenho e carcaça e determinada a correlação fenotípica entre elas. A característica peso vivo aos 42 dias (BW42) apresentou maior correlação positiva com a maioria das características, com correlação entre pesos vivos aos 35, 41 dias, ganhos de peso do nascimento aos 35, 41 e 42 dias, e pesos de carcaça e partes superiores a 0,8. Cento e setenta aves F2, representando 4,5% das aves mais leves e 4,5% das mais pesadas para BW42 foram selecionadas dentro de famílias, na mesma proporção de machos e fêmeas e genotipadas para 19 marcadores informativos no cromossomo 3 e 11 no cromossomo 5. As freqüências alélicas dos marcadores nos grupos fenotípicos de alto e baixo BW42 foram comparadas empregando teste de qui-quadrado. Foram identificadas quatro regiões no cromossomo 3 e três regiões no cromossomo 5 sugestivamente ligadas a QTL para BW42 (P < 0,10), confirmando e expandindo estudos anteriores de mapeamento de QTL em aves

The influence of techniques of larvae rearing and seed collectors on the survival rate and recovery efficiency of the brown mussel Perna perna (L.) in laboratory

Te study compared the hatchery recovery efficiency and survival rate of Perna perna spats using larvae submitted to four conditions, prior to settlement, tested with for different collectors. In 15 days old larvae (eyed larvae, T1), transparent nylon thread collectors presented the best results for spats recovered per meter of collector. The 28 days old larvae (foot larvae) stored under refrigeration before settlement (T3 with water and T4 without water) showed no significant differences between the spat number in all the collectors. The brown multi-thread collector was more efficient in T 4. The blue polyamide thread collector was the most efficient with 28 days old larvae settled directly, without refrigeration (T2). Treatment 1 showed the highest spats recovery percentage in the collectors (89.44%) in relation to the tank wall. The results showed that the efficiency of the collector depended on the methodology to prepare the larvae and the material used in the collector.<br>Comparamos a eficiência de recuperação e sobrevivência em laboratório de pré-sementes de Perna perna utilizando larvas submetidas a 4 situações de preparação, antes do assentamento, testadas em 4 diferentes coletores. Em larvas de 15 dias (com olho, T1), coletores de rede de nylon transparente apresentaram os melhores resultados de recuperação de indivíduos por metro de coletor. Larvas de 28 dias (com pé), mantidas em condições de resfriamento antes do assentamento (T3 com água e T4 sem água) não apresentaram diferença significativa no número de animais recuperados em todos os coletores. O coletor de rede de polietileno marrom foi mais eficiente no T4. O coletor de rede de poliamida azul foi mais eficiente com as larvas de 28 dias, colocadas diretamente para assentar, sem resfriamento (T2). O tratamento T1 foi o que apresentou o maior percentual de eficiência de recuperação nos coletores (89,44 %), em relação aos animais assentados na parede do tanque. Os resultados mostram que a eficiência do coletor é dependente da metodologia de preparação das larvas para assentamento e o material usado no coletor

Genetic characterization of the Neotropical catfish Pimelodus maculatus (Pimelodidae, Siluriformes) in the Upper Uruguay River

Freshwater fish present unique challenges when one attempts to understand the factors that determine the structure of their populations. Habitat fragmentation is a leading cause of population decline that threatens ecosystems worldwide. In this study, we investigated the conservation status of genetic variability in the Neotropical catfish (Pimelodus maculatus). Specifically, we examined the structure and genetic diversity of this species in a region of the Upper Uruguay River fragmented by natural barriers and dams. There was no genetic structure among the four sites analyzed, indicating the existence of only one population group. A combination of environmental management and genetic monitoring should be used to minimize the impact of impoundment on panmitic populations of migratory fish species

Parâmetros genéticos para as produções de leite no dia do controle e da primeira lactação de vacas da raça Holandesa

Foram utilizados 263.390 registros de produção de leite no dia do controle (PDC) de 32.448 primeiras lactações de vacas da raça Holandesa com parto no período de 1991 a 2001, para estimar componentes de variância e parâmetros genéticos utilizando um modelo animal e a metodologia REML. Os dados de produção foram coletados pelo Serviço de Controle Leiteiro da Associação Brasileira de Criadores de Bovinos da Raça Holandesa e suas afiliadas estaduais e disponibilizados pela Embrapa Gado de Leite. O modelo para ajuste da produção de leite até 305 dias (P305) incluiu os efeitos fixos de rebanho-ano de parto, época do parto e idade da vaca ao parto, com termos linear e quadrático, e os efeitos aleatórios de animal e erro. Os mesmos efeitos foram incluídos no modelo para as produções de leite no dia do controle (PDC) tanto sob modelo uni- e bi-caráter como sob modelo de repetibilidade (MRS), exceto para o efeito fixo de grupo contemporâneo, definido por rebanho-ano-mês do controle. Alternativamente, ajustou-se um segundo modelo de repetibilidade (MRF), que além dos efeitos presentes no MRS, incluiu as covariáveis que descrevem a curva da lactação: dias em lactação (DEL)/305 e ln(305/DEL) com termos linear e quadrático. As estimativas de h² para as PDC, com MRS e MRF foram 0,43 e 0,30, respectivamente. As estimativas de herdabilidade (h²) para as PDC variaram de 0,22 (PDC1) a 0,36 (PDC4) com o modelo uni-caráter. Para o modelo bi-caráter, as estimativas variaram de 0,23 (PDC1) a 0,33 (PDC3 e PDC4). Em ambos os modelos, observaram-se valores inferiores de h² no início e no fim do período de lactação. A estimativa h² para a P305 com o modelo uni-caráter foi 0,27, enquanto, pelo modelo bi-caráter, estas estimativas variaram de 0,27 a 0,30. As correlações genéticas (r g) entre as PDC e a P305 foram altas, variando de 0,86 (PDC1 e P305) a 0,99 (PDC3 e P305). Estimativas de herdabilidade maiores para as PDC que para a P305 e a alta correlação com a mesma indicam potencial de uso das PDC nas avaliações genéticas de animais da raça Holandesa no Brasil. Embora predominantemente altas, as estimativas de r g entre as PDC não foram homogêneas (0,64-1,0); entretanto as maiores freqüências foram para valores próximos ou iguais a 1. Assim, modelos de regressão aleatória devem ser também avaliados para se concluir sobre a melhor utilização das PDC da raça Holandesa no Brasil

Principal components analysis applied to performance and carcass traits in the chicken

In this study, the principal components methodology was used to analyze performance and carcass traits measured in a 3747 F2 experimental population of Gallus gallus. This technique allows us to reduce the number of variables considered in the evaluation of the animals, which may facilitate genetic programs. Performance traits were body weight at 35 and 42 days of age, and weight gain from 35 to 42 days of age; carcass traits were the following: weights of liver, heart, gizzard, wings, thighs, breast and lung. The five first principal components explained about 93.3% of the total variation, and the first component explained 66%. The first component was called `General Weight', because the largest eigenvectors were associated with body weight at 35 and 42 days of age and liver, breast, wing and thigh weights. Heritability of the first principal component was 0.23 $\pm$ 0.05. The genetic gain of a selection index with the first two principal components was similar to the selection index gain with 10 original traits. The principal components methodology was efficient to evaluate the total variance in this group of correlated traits, allowing a drastic reduction in the number of traits to be included in the selection index for breeding purposes.Analyse en composantes principales des performances de croissance et des caractéristiques de carcasse chez le poulet. L'objectif de cette étude était de déterminer les composantes principales expliquant la variance des caractéristiques de carcasse et des mesures de développement chez Gallus gallus. Cette étude a permis de déterminer quelles étaient les caractéristiques essentielles de ces mesures au sein d'un programme d'amélioration génétique. Les critères retenus ont été le poids vif à 35 et 42 jours, le gain de poids entre 35 et 42 jours et plusieurs caractéristiques pondérales de carcasse (foie, coeur, gésier, ailes, cuisses, filet et poumons). Les cinq premières composantes principales ont permis d'expliquer 93,3 % de la variance totale, la première d'entre elles expliquant à elle seule 66 % de la variance totale. Nous l'avons nommée Poids Général, car les principaux vecteurs étaient associés au poids vif. L'héritabilité de la première composante principale était de 0,23. Le gain d'index de sélection avec deux composantes principales est apparu similaire au gain d'index de sélection obtenu à partir des 10 critères initialement retenus. En conclusion, cette analyse en composantes principales s'est montrée efficace pour estimer la variance totale d'un groupe de critères pris en compte pour la sélection. Cette approche diminue de manière importante le nombre de mesures à réaliser dans le cadre d'un programme d'amélioration génétique du poulet de chair